În ultimul timp tot mai des este criticată instituţia prezidenţială: că preşedintele ar fi o păpuşă/marionetă în mâinile liderilor AIE, că nu a mers la recentul summit al şefilor de stat din CSI, de la Aşhabad, Turkmenistan, arătând cine este, de fapt, deţinătorul real al puterii – ”şeful” real în statul Republica Moldova: V. Filat, care, în consecinţă, a mers la reuniune. N. Timofti mai este criticat pentru declaraţia pe care a făcut-o cu privire la condiţionarea deschiderii unui consulat al Rusiei la Tiraspol de retragerea contingentului armatei ruse şi a muniţiilor ruseşti din zona nistreană a RM.
